وتهدف الهيئة طبقاً لوثيقتها التأسيسية إلى الحفاظ على وحدة اليمن وأرضه وسيادته وسلامته الإقليمية، وعلى ثرواته من الأطماع والتجاوزات الراهنة من قبل ما يسمى تحالف دعم الشرعية وإيران والأطراف الدولية الأخرى.
كما تهدف إلى مواجهة التحديات المحدقة بسيادة الدولة اليمنية وكرامتها الوطنية ومخططات تقسيمها إلى مناطق نفوذ إقليمية، وحفز الجهد الوطني والإقليمي والدولي الشامل لمواجهة استحقاقات ما بعد الحرب.
وفي كلمة له في افتتاح الحفل شدد رئيس الهيئة الدكتور فيصل الحذيفي على أنه من غير الممكن الانتظار حتى الانهيار المحقق ..أو الدخول في اغماء تاريخي لا إفاقة فيه، داعيا إلى الإسهام في العمل الوطني ضمن الهيئة الوطنية لحماية السيادة ودحر الانقلاب.
من جانبه أوضح أمين عام الهيئة الوطنية لحماية السيادة ودحر الانقلاب، أن الهيئة تمثل هبة وطنية واسعة الطيف، ضداً على كل المشاريع التي تستهدف الدولة واليمنية أرضاً وشعباً وتخطط لتقويض نظامها الجمهوري من أطراف الداخلية وامتداداتها الخارجية بدء من ميلشيا الحوثي الانقلابية وانتهاء بالميلشيات المسلحة التي تعمل تحت مظلة الامارات.
